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Masson染色（膠原纖維染色）：是指用兩種或三種陰離子染料混合，膠原纖維呈藍色，肌纖維呈紅色。用來現實組織中炎性因子的染色方法之一。
PAS染色 （黏液物質染色）：多用于黏液物質染色，糖原、中性黏蛋白、各種糖蛋白呈紫紅色，其余呈藍色。
油紅O染色（脂肪染色）：染色原理一般認為是物理上的溶液作用或吸附作用，借溶液作用使脂肪染色。脂肪的陽性染色結果呈橘黃至紅色，但具體顏色因脂質濃度而定。
番紅-固綠染色（軟骨染色）：原理是嗜堿性的軟骨與堿性染料番紅o結合呈現紅色，嗜酸性的骨和酸性染料固綠結合而呈現綠色或藍色，與呈現紅色的軟骨鮮明對比，從而將軟骨組織與骨組織區分開。
尼氏染色（尼氏小體染色）：尼氏體或尼氏小體是分布于神經細胞胞質內的三角形或橢圓形小塊狀物質，能被堿性染料如硫堇、亞甲藍、甲苯胺藍和焦油紫等染料染成紫藍色。尼氏染色能夠很好地現實尼氏體的變化。
TTC染色（腦缺血、種子生存能力）：TTC是脂溶性光敏感復合物，它是呼吸鏈中吡啶—核苷結構酶系統的質子受體，與正常組織中的脫氫酶反應而呈紅色，而缺血組織內脫氫酶活性下降，不能反應，故而不會產生變化呈蒼白。
甲苯胺藍染色：甲苯胺藍屬于醌亞胺染料類，這類染料一般含有兩個發色團，一個是胺基，一個是醌型苯環，來構成色原顯色；同時還含有兩個助色團，為堿性染料。甲苯胺藍中的陽離子有染色作用，組織細胞的酸性物質與其中的陽離子相結合而被染色。可染細胞核使之呈藍色，肥大細胞質內含有肝素和組織胺等異色性物質遇到甲苯胺藍可呈異染性紫紅色。
普魯士藍染色（鐵染色）
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